DeepMind发布AlphaGenome 2:按细胞类型预测DNA变异效应
Google DeepMind发布AlphaGenome 2,输入1 Mb DNA与目标细胞状态,可解析相近细胞类型并适配未见单细胞数据;目前仅通过API供非商业研究使用。
要点
- 输入为1 Mb(1,048,576 bp)人类或小鼠DNA窗口,每次调用使用一个256维细胞状态嵌入。
- TenK10K sc-eQTL:90%精度下因果变异召回率由16%升至30%,效应方向召回率由23%升至43%。
- rE2G留出CRISPRi数据:增强子-基因AUPRC为0.78,AlphaGenome 1为0.73,Borzoi集成器为0.61。
- 模型通过AlphaGenome API提供,非商业研究免费;权重将在最终论文发表后发布,商业研究为私有预览。
- 预计算图谱覆盖640种细胞条件的增强子-基因链接,并评分约700万变异、涵盖510种条件。
阅读原文这里是中文要点整理,数字与细节以原文为准。
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